El Museo tendrá abierta sus puertas a todos los visitantes y realizará visitas guiadas para quienes deseen conocer a fondo sus colecciones:
Sala Diaguita
Con el hermoso colorido -en negro, rojo y blanco- y la fina decoración de sus vasijas, se recorren formas de piezas muy sencillas, pasando por el clásico jarro pato hasta los esbeltos aríbalos de origen incaico; como también objetos rescatados del santuario de altura del cerro las Tórtolas a 6323 metros sobre el nivel del mar. En este concierto de formas, destacan las ollas utilitarias, (jarros zapatos) -valoradas con representaciones humanas-, tanto como los diversos objetos de hueso, metal y madera.
Sala Isla de Pascua
Con un Moai y objetos de piedra y madera originales de la cultura Rapa-Nui. Ambientada con diversas imágenes, incluida una maqueta de la isla.
Sala de Arte Rupestre Mensajes en la Piedra
Dispone de un espacio para la proyección de videos documentales relacionados con el tema. En la sala central se desarrolla el tema del arte en las rocas; para ello, se recurre a la utilización de imágenes fotográficas de gran tamaño e iluminadas, sobre pinturas y grabados prehistóricos existentes en la región semiárida chilena (Atacama-Coquimbo) además, se explican las técnicas de ejecución. La tercera sala está destinada a rendir un homenaje a los pioneros de la investigación prehistórica en Chile. (José Toribio Medina, Ricardo Latcham, Max Uhle, Martín Gusinde, Francisco Cornely y Jorge Iribarren). De ellos se exhiben apuntes de terreno, dibujos, publicaciones, etc.
Sala de Etnografía chilena
Localiza y define geográfica y culturalmente a los principales pueblos aborígenes de Chile, con la incorporación de variados objetos originales.
